Valami baljóslatú dolog készül, a Fűzfák eltűnnek Tündérországból, és a Tündérek Királynője arra kéri Selymet, hogy keresse fel a boszorkányt, Natu de Cotton-t, és kérjen tőle segítséget. Cotton hajlandó segíteni régi barátnőjének, és együtt indulnak a következő kalandjukra.

A Cotton Fantasy a sorozat korábbi játékaihoz hasonlóan játszódik. A hagyományos, oldalnézetes mechanikájú pályák mellett a játékban is vannak olyan szintek, mint a Panorama Cottonban és a Rainbow Cottonban. A Rebootból ismert Jewel Fever mechanikát átdolgozták, és mostantól tárgyak hullanak le az ellenségről, ha varázslatok találják el őket.