Daxter egy teljesen újragondolt Jak és Daxter világa, mivel végre a játékosok a bölcs sidekick szerepében játszhatnak.
A Daxter célja, hogy új irányba vigye a Jak & Daxter világát, lehetővé téve a játékosok számára, hogy teljesen más szemszögből lássák azt.
A játék két év alatt játszódik, amit Daxter azzal tölt, hogy megpróbálja megtalálni és kiszabadítani Jákot, akit a Jak II kezdetéhez vezető események során bebörtönöztek.
Daxter most egyedül van, egy ismeretlen helyen, és hamar rájön, hogy az, hogy kicsi és szőrös, nem sokban növeli a túlélési esélyeit.
Daxter rovarirtóként vállal munkát, hogy segítsen kiirtani egy rejtélyes rovarfertőzést, és felfedezi Haven City egyes részeit, nyomokat gyűjtve, hogy megtalálja Jake-et.