A megújult grafika és a továbbfejlesztett játékmenet mellett új melléktörténet is vár rád, amelyben Bowser Jr. sereget gyűjt, formációkat alakít ki, arzenáljával támogatja szövetségeseit, és általában káoszt okoz (a legjobb értelemben). Mario & Luigi Bowser Inside Story: - a híres Mario & Luigi sorozat visszatér egy újabb szórakoztató akció-szerepjáték játékkal. A játék elején Mario és Luigi részt vesznek Peach hercegnő tanácskozásán, aki kétségbeesett, mivel a Gombabirodalmat egy titokzatos Metakor-betegség sújtja. Azonban a tanácskozást félbeszakítja a csaló Bowser, aki egy vákuumos gomba segítségével minden résztvevőt magába szív. Az Ön feladata, hogy kijusson Bowser testéből. Ehhez támadássorozatok állnak rendelkezésére, valamint lehetősége van Bowsert az idegein és izmain keresztül irányítani. Csatlakozzon a Mario Bros.-hoz távoli, de ezúttal széles utakra, melyek tele vannak szórakozással és akcióval. Az előző részekhez képest a Mario & Luigi Bowser Inside Story jobban foglalkozik a DS mikrofon és érintőképernyő használatával, ami nagyobb szórakozást garantál. Jelenleg 6 támadási kategóriát kínál a harc során. Csak önön múlik, hogy melyik stílusban fog harcolni.