A The Phantom Pain története kilenc évvel a Metal Gear Solid V: Ground Zeroes eseményei után játszódik, amikor Snake, vagyis Big Boss felébred közel egy évtizedes kómából. 1984-et írunk, és a hidegháború még mindig azzal fenyeget, hogy elpusztítja a világot. Snake dühvel telve indul bosszúszomjas küldetésére, amelynek egyetlen célja van: megtalálni és elpusztítani a titokzatos XOF-ot.

a gyilkosuk
A sorozat egyik kedvenc karaktere, Snake visszatér, miután egy robbanás következtében elvesztette bal karját, és egy fémhoroggal kellett pótolnia. Ez azonban nem von le a halálos képességeiből, amelyeket évtizedeken át titkos ügynökként tanult. Big Boss elsősorban egy csendben mozgó, tapasztalt veterán, aki szükség esetén fegyvert is tud ragadni, és leadni néhány halálos lövést.