Tizenkét emberfeletti képességekkel rendelkező esperest gyűjtött össze egy úszó hajón egy titokzatos nemzetek feletti entitás, akit csak A Világ néven ismerünk. Közös történetük talán véget ért, de a sajátjuk még csak most kezdődik.
Múlt, jelen és jövő, a Norn9: Last Era három különböző történetmódja találkozik, beleértve a karakterek múltjának feltárását a hajón töltött közös életük előtt. A játék emellett új perspektívából és az első játék eseményei után játszódó történetekből meséli újra a Norn9: Var Commons eseményeit.