A Spec Ops: The Line a lerombolt Dubai szívében játszódik. Az egykor a gazdag elit lakhelye volt, Dubai azonban pusztító homokviharok sorozatának áldozatául esett. Az ultramodern építészet félig eltemetve fekszik a homok tonnái alatt. És ez a homok az, ami a játék során jelentős szerepet játszik majd a harci helyzetekben, akár segít, akár hátráltat.
Míg a legtöbb ember elmenekült erről a kietlen pusztaságról, mielőtt a homokviharoknak esélyük lett volna végigsöpörni rajta, az amerikai hadsereg ezredese, John Konrad és hűséges egysége itt maradt, hogy megvédje azokat, akik nem tudnak elmenni. Mivel a vihar kitörése után senkit sem tudtak elérni, az amerikai hadsereg attól tartott, hogy Konrad ezredes és csapata meghalt, amíg egy gyenge jel meg nem szólalt, és így megkezdődött a mentőakció.
Martin Walker kapitányként neked és a Delta Force csapatodnak be kell szivárognia az áruló területre, és haza kell hoznod Konradot. Kelj át azon a határon, ahol a halál és a kötelesség eggyé válik. Ez a vég - neked és a józan eszednek -, amikor a szolgálati időd véget ér, és csak ez maradt neked.