Élj át egy vadonatúj kalandot kedvenc alkimistáddal, Sophie Neuenmullerrel, amely nem sokkal a 2016-os Atelier Sophie: The Alchemist of the Mysterious Book eseményei után kezdődik.

Miután barátnőjével, Plachta-val elhagyja szülővárosát, Kirchen Bell-t, Sophie felfedez egy hatalmas fát az erdőben, amely hasonlít arra, amit Plachta álmában látott, és amikor úgy döntenek, hogy együtt felfedezik, hirtelen egy titokzatos örvény vonzza őket a belsejébe. Amikor Sophie felébred, egy különös új világban találja magát, amelyet Erde Wiege-nek hívnak, de egyedül van, Plachta pedig sehol sincs.

Amikor Sophie hamarosan hall egy Plachta nevű alkimistáról, aki egy közeli város szélén él, és meglátogatja őt a műtermében, felfedez egy fiatal lányt, aki bár a neve megegyezik a barátnőjével, semmi hasonlóságot nem mutat vele, és Sophie egyáltalán nem ismeri fel. És messze nem ez az egyetlen váratlan meglepetés, ami Sophie-ra vár...