A Marvel Bosszúállók az A-napon kezdődik, amikor Amerika Kapitány, Vasember, Hulk, Fekete Özvegy és Thor bemutatja a Bosszúállók csúcstechnológiás főhadiszállását San Franciscóban - beleértve a saját helikopterüket, amelyet egy kísérleti energiaforrás hajt. Az ünneplés azonban szörnyen félresiklik, amikor egy katasztrofális baleset hatalmas pusztítást okoz. A tragédiáért a Bosszúállók a felelősek, akik szétesnek. Öt évvel később, amikor minden szuperhőst betiltottak, és a világ veszélyben van, az egyetlen remény az, hogy újra összeállnak a Föld leghatalmasabb hősei.
A Marvel's Avengers rendszeres tartalmi frissítéseket hoz, és egy több évet átívelő epikus küldetésre viszi a játékosokat. Ez a játék képviseli a Bosszúállók márka jövőjét.