A Metal Gear Solid Portable Ops 1970-be repít vissza minket. Naked Snake alias Big Boss átvette egy speciális FOX-egység parancsnokságát, de hamarosan elárulta parancsnoka bizalmát, kicsúszott a kezéből az irányítás, és egy elfoglalt katonai bázison rendezkedett be valahol a dél-amerikai dzsungelben (egy félszigeten, amelyet szeretettel La Peninsula de los Muertosnak, azaz a Halottak félszigetének neveznek). Ezzel együtt a FOX egység tagjai a CIA orra előtt felrobbantottak néhány nukleáris robbanófejet, amelyeket a Szovjetunió irányába szándékoznak küldeni - ezzel az eddig undorítóan hideg háború eseményeit egy kissé forróbb konfliktus felé lökik.