A Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 3 az eddigi legnagyobb karakterbővítést tartalmazza, így a rajongók a sorozat kedvenc karaktereként játszhatnak, akár pozitív, akár negatív értelemben. A sztorimódban a játékosok drámai események sorozatába csöppennek bele Konoha falujában. Az intenzív csatákban soha nem látott méretű főnökökkel kell megküzdeniük, köztük még a félelmetes óriás Kilencfarkúval is.