Fél évszázaddal azután, hogy a Vörös Frakció és szövetségeseik ellenállása felszabadította a Marauder Marsot a brutális Földi Védelmi Erőktől, a marsi harmónia ismét veszélybe került, de ezúttal a halálos erő rejtélybe burkolózik.

Amikor a hatalmas Terraformer, amely a Földhöz hasonlóan a Marsot levegővel látja el, megsemmisül, a légkör káoszba fordul, szupertornádók és villámok lepik el a bolygót. A túlélés érdekében a telepeseknek földalatti bányákba kell menekülniük, és lakható barlangok hálózatát kell kiépíteniük.

Öt évvel később Darius Mason, a marsi forradalom hőseinek, Alec Masonnak és Samanyának az unokája a Bastionból, egy metrókereszteződésben jövedelmező üzletet folytat. Bányászat, takarítás, zsoldosként dolgozni, néhol veszélyes a munka, Darius az embere. Néhány értelmes ember, akinek a felszínen tönkrement az üzlete, a Dariushoz hasonló vállalkozóktól és a települések között üzleteket bonyolító csempészektől lesz vevő.

Amikor Dariust ráveszik, hogy nyisson újra egy titokzatos aknát egy régi marauder templomban, egy régóta szunnyadó gonosz szabadul el, ami Armageddont idéz elő a Marson. Telepesként a Marauder-településeket szétszakítva találod magad. Lehetséges, hogy csak Darius és a Vörös Frakció mentheti meg az emberiséget. A harc a viharoktól sújtott bolygón, és alatta, a bolygó szívében zajlik majd.