A fő negatív szerepek bőséges szereposztású képviselője visszatér, de ezúttal nem humoros "quickie-k" gyűjteménye formájában, hanem egy klasszikus árkádban. Wario ezúttal egy varázspálca birtokába jutott, amely lehetővé teszi számára, hogy a játék során különböző formákat öltsön, így a játékmenet nagyon változatos és eredeti lesz. Ez a funkció a játékkörnyezet átgondolt kialakításához is kapcsolódik - bizonyos helyekre (amelyek általában különösen értékes tárgyakat és kütyüket tartalmaznak) csak megfelelő álruhában juthatunk el. Ott vannak még a sokat próbált minijátékok, az intuitív stylus-irányítás és persze az egyes pályák végét őrző, eredendő főnökök. A kirabolt mágus (aki a fent említett pálca eredeti tulajdonosa volt) azonban nem fog szelíden beletörődni a helyzetbe, így folyamatosan Wario sarkában lesz.