A szerepek felcserélődtek. Az XCOM szervezet támadásba lendül. Mivel azonban korlátozott erőforrásokkal kell szembenéznie, az új mobil főhadiszállásáról kell gerillacsapásokat indítania az idegen erők ellen. A játékosoknak a nyers tűzerőt a csendes taktikával kell kombinálniuk, új katonákat kell toborozniuk az XCOM számára, és ki kell építeniük egy ellenállási hálózatot. Csak így tudják leleplezni az idegenek alattomos terveit és megmenteni az emberiséget.

A világ megváltozott. Már 20 év telt el azóta, hogy a világ vezetői önként behódoltak az idegen erők uralmának. Az XCOM, az emberiség utolsó védelmi vonala, magára maradt. Az idegenek, akik most a Földet uralják, gyorsan hozzálátnak a káprázatos városok építéséhez, amelyek az emberiség számára egy jobb jövőt ígérnek. De semmi sem olyan tökéletes, mint amilyennek elsőre tűnik - a bitorlóknak titkos, félelmetes céljaik vannak. Akik megpróbálnak ellenállni, keményen megfizetnek érte.

Csak azok örülhetnek a szabadság ígéretének, akik a világ peremén élnek. Ezeken a részeken az emberek megpróbálják visszanyerni erejüket, és hadsereget gyűjteni, hogy kiálljanak az emberiség érdekeiért. Az XCOM-erők maradványainak meg kell találniuk a módját, hogy feltámadjanak a hamvaiból és visszanyerjék erejüket, megkíséreljék feltárni a megszállás mögötti rémisztő igazságot, és egyszer s mindenkorra felszámolni az idegen fenyegetést.